V rámci publikácie “Nové trendy vo využívaní bioinformatických analýz v genomike a proteomike” (Univerzita veterinárskeho lekárstva a farmácie v Košiciach, 2013) sme uviedli niekoľko softvérov, ktoré sa využívajú pre genetické a proteomické výskumy. Pre lepšiu orientáciu a rýchly prístup k nim je určený nasledovný prehľad:


  1. 1.kapitola: Bioinformatické nástroje využívané pri dizajnovaní a analýze PCR reakcie


a) génové databázy

GenBank:  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/

GeneCards: http://www.genecards.org

Unigene: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/unigene

Biobase: http://www.biobase-international.com

Gold Genomes: http://www.genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/index.cgi


b) dizajnovanie primerov

CODEHOP: http://blocks.fhcrc.org/codehop.html

Gene Fisher: http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/genefisher2/

PCR Designer: http://primer1.soton.ac.uk/primer.html

Primo Pro: http://www.changbioscience.com/primo/primod.html

Eprimer3: http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py

Primo: http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py

Primer3Plus: http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3plus.cgi/


  1. c)kalkulátor mastermixu PCR

PCR box titration calculator:  http://www.attotron.com/pub/pcrtitr.htm

Optimase Master Mix calculator: http://www.mutationdiscovery.com/md/MD.com/screens/optimase/MasterMixCalculator.jsp?action=none

PCR Calculator: http://www.sigmaaldrich.com/life-science/molecular-biology/pcr/learning-center/pcr-tools.html

PCR optimization: http://molbiol.ru/eng/scripts/01_14.html


  1. d)analýza sekvencií

GenBank BLAST:  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST.cgi


2. kapitola: Bioinformatickí pomocníci genotypizácie


BioEdit:  http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/bioedit.html

Rebase: http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html

WebCutter: http://rna.lundberg.gu.se/cutter2/

PrimoMelt: http://www.changbioscience.com/primo/primomel.html

Melt94: http://web.mit.edu/osp/www/melt.html

TGGE Star: http://www.charite.de/bioinf/tgge/

Melt Ingent: http://www.ingeny.com/htdocs/Software.html


  1. 3.kapitola: Sekvenovanie ďalšej generácie a spracovanie získaných dát

MAQ: http://maq.sourceforge.net

Illumina: http://www.illumina.com/applications/sequencing.ilmn?utm_source=illumina.com/sequencing&utm_campaign=sequencing+gene+expression

Geneid: http://genome.crg.es/software/geneid/


4. kapitola: Bioinformatická analýza proteínovej sekvencie a genómu

Ensembl: http://www.ensembl.org/index.html

Uniprot: http://www.uniprot.org

ProtParam: http://web.expasy.org/protparam/

SOPMA: http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopma.html

Protein Hydrophobicity Plot: http://www.vivo.colostate.edu/molkit/hydropathy/

Peptide Cutter: http://web.expasy.org/peptide_cutter/

TMHMM (Transmembrane Hidden Markov Model): http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

I-TASSER: http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/

Coils: http://embnet.vital-it.ch/software/COILS_form.html

ClustalW2: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/

Jalview: http://www.jalview.org


  1. 5.kapitola: Identifikácia biomolekúl pomocou hmotnostnej spektrometrie

PeptIdent: http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/BioInfo2004/pages/visualizacion/programas_manuales/spdbv_userguide/us.expasy.org/tools/peptident.html

MultIident: http://web.expasy.org/multiident/

Mascot: http://www.matrixscience.com/cgi/search_form.pl?FORMVER=2&SEARCH=PMF

ProFound: http://prowl.rockefeller.edu/prowl-cgi/profound.exe

ProteinProspector: http://prospector.ucsf.edu/prospector/mshome.htm

FindPept: http://web.expasy.org/findpept/

V prípade záujmu, v našom laboratóriu máme k dispozícii nasledovné programy, ktoré je možné po dohode využívať:


Geneious Pro

Lasergene DNASTAR

Scafford 3

Mass QC

Peaks Pro

licencia pre Mascot search “peptide mass fingerprinting”



Bioinformatic tools & softwares