Bioinformatické a molekulovobiologické nástroje pri štúdiu faktorov patogenity a virulencie medicínsky významných bakteriálnych patogénov

KEGA: Projekt č. 007UVLF-4/2021

prof. MVDr. Emil Pilipčinec, PhD.

Vysokoškolský profesor na Univerzite veterinárskeho lekárstva a farmácie v Košiciach; osoba zodpovedná za uskutočňovanie, rozvoj a kvalitu študijného programu mikrobiológia v spojenom 1. a 2. ako aj v 3. stupni vysokoškolského štúdia; zodpovedný riešiteľ alebo spoluriešiteľ viacerých domácich alebo medzinárodných vzdelávacích a vedecko-výskumných úloh a projektov; ako autor alebo spoluautor publikoval desiatky vedeckých prác, niekoľko učebných monografií a vysokoškolských učebníc; je spoluautorom jedného autorského osvedčenia a jedného patentu; emeritný rektor univerzity. Ako rektor významnou mierou prispel k výstavbe nových klinických priestorov, vrátane univerzitnej veterinárnej nemocnice a MediParku – medicínskeho univerzitného vedeckého parku, Centra excelentnosti pre nákazy zvierat a zoonózy, Centra excelentnosti pre parazitológiu, Centra excelentnosti biomedicínskych technológií a Kompetenčného centra pre biomodulátory a výživové doplnky. V súčasnosti sa zaoberá štúdiom faktorov virulencie medicínsky významných bakteriálnych patogénov.

(placeholder)
(placeholder)
(placeholder)
(placeholder)
(placeholder)
(placeholder)

Monografia

Autori

Workshop

doc. MVDr. Mangesh Bhide, PhD.

Spôsobí v oblasti výskumu neuroinfekcií a interakcií hostiteľ-patogén. Ukončil postdoktorandský výskum (štipendium Marie-Curie) v oblasti interakcií hostiteľ-borélia. Od roku 2008 vedie Laboratórium biomedicínskej mikrobiológie a imunológie (LBMI) Univerzity veterinárskeho lekárstva a farmácie v Košiciach. Publikoval 95 prác v recenzovaných časopisoch s celkovým počtom 1666 citácií (h index – 24), 9 kapitol v knihách a 2 knihy v oblasti bioinformatiky (In silico veritas I a II). Úspešne ukončil 19 výskumných projektov ako PI. Viedol 3 bilaterálne projekty (medzi Slovenskom a Portugalskom, Ruskom a Francúzskom). Bol  zapojený do 4 projektov COST (FA1002, TD1303, TN1301, CM1307). Bol vedúcim „sekcie proteomiky“ v centre excelentnosti INFEKTOZOON a v projekte Medipark (zo štrukturálnych fondov EÚ pre Slovensko). V rokoch 2015 – 2017 zastával funkciu ERA Chair Holder v oblasti proteomiky na Univerzite v Záhrebe. Doposiaľ bol školiteľom 12 postdoktorandov. Je vedúcim WP a PI v projektoch H2020-MSCA-ITN-2017 (ID projektu – 765423),  EFSA (Obermics), ERA-NET-EuronanomedIII-105. Je governerom ICGEB za Slovensko.


prof. MVDr. Ľudmila Tkáčiková, PhD.

Vysokoškolská profesorka na Katedre mikrobiológie a imunológie Univerzity veterinárskeho lekárstva a farmácie v Košiciach. V rámci pedagogickej činnosti je zodpovedná za uskutočňovanie, rozvoj a kvalitu študijného programu imunológia v spojenom 1. a 2.stupni ako aj v 3. stupni vysokoškolského štúdia. V rámci svojich vedecko-výskumných  aktivít sa  zaoberala využitím metód molekulovej biológie na epidemiologické a epizootologické štúdie mikroorganizmov  a to hlavne streptokokov, stafylokokov, listérií a kandíd. Zaoberala sa aj štúdiom prítomnosti mutácií v priónovom géne oviec, kôz  a hovädzieho dobytka. V ostatných rokoch sa zaoberá štúdiom vplyvu probiotických laktobacilov a ich produktov (exopolysacharidov)  na slizničný imunitný systém, ako aj štúdiom antibakteriálnych účinkov nanočastíc striebra. Bola zodpovednou riešiteľkou piatich VEGA grantov a riešiteľkou ďalších 28 projektov (AV, APVV, VEGA, KEGA, INFEKTOZOON, Neurovedy, Probiotech a MediPark) ako aj dvoch zahraničných projektov (Copernicus, Nórsky a EHP finančný mechanizmus). Je autorkou a spoluautorkou kapitol v  4 vedeckých monografiách  a v 10 vysokoškolských učebniciach vydaných v domácich vydavateľstvách, 67 vedeckých článkov publikovaných v zahraničných karentovaných časopisoch,   32 publikácií v nekarentovaných zahraničných a domácich časopisoch. V databázach Scopus a Web of Science boli jej práce citované v 613 publikáciách publikovaných v impaktovaných časopisoch.  Ako školiteľka sa podieľala na vedeckej výchove 5 doktorandov.


doc. MVDr. Jana Koščová, PhD.

Je absolventkou Univerzity veterinárskeho lekárstva v Košiciach, odbor všeobecné veterinárske lekárstvo. Od roku 2002 pracuje na Katedre mikrobiológie a imunológie Univerzity veterinárskeho lekárstva a farmácie v Košiciach. V rámci pedagogickej činnosti garantuje predmet mikrobiológia pre bakalársky študijný program bezpečnosť krmív a potravín. Vedie prednášky a praktické cvičenia z mikrobiológie pre bakalárske, magisterské a doktorské študijné programy. Je spoluautorkou 6 vysokoškolských učebníc a 2 učebných skrípt. Doposiaľ bola školiteľkou a školiteľkou-konzultantkou vyše 50 úspešne obhájených záverečných prác v slovenskom aj v anglickom jazyku a v súčasnosti vedie dvoch doktorandov. Vo vedecko-výskumnej sfére sa venuje oblasti naturálnych substancií, predovšetkým probiotických baktérií a rastlinných éterických olejov a optimalizácii intestinálnej mikrobioty, ale aj problematike výskytu rezistentných baktérií u zvierat a v prostredí. V súvislosti s danou témou rieši rôzne výskumné úlohy a granty a zúčastňuje sa domácich aj medzinárodných vedeckých konferencií. V pozícii spoluriešiteľa aktívne participovala na zahraničných projektoch, projektoch hradených zo štrukturálnych fondov EÚ a domácich projektoch (APVV, VEGA, KEGA), v súčasnosti je zodpovedným riešiteľom projektu VEGA. Je autorkou alebo spoluautorkou 24 publikácií v CC časopisoch ako aj ďalších publikácií vo vedeckých a odborných časopisoch a desiatok publikácií v zborníkoch. Výsledky jej vedeckej a publikačnej činnosti boli v rámci citačnej databázy SCI doposiaľ citované vyše 440-krát.

doc. MVDr. Radomíra Nemcová, PhD.

Pracuje na Katedre mikrobiológie a imunológie UVLF ako vysokoškolský pedagóg. Už viac ako 25 rokov sa venuje výskumu probiotík. Špecializuje sa  v oblasti: probiotický výskum – selekcia a charakterizácia probiotických baktérií a ich bioaktívnych produktov, štúdium biologických a technologických vlastností prospešných baktérií, mikrobiálna črevná aktivita, laboratórna fermentácia, germ-free a gnotobiologické techniky a postupy, klinické overovanie probiotických a naturálnych prípravkov. Bola a je zodpovednou riešiteľkou  resp. spoluriešiteľkou 22 domácich projektov (VEGA, APVV, ŠF EÚ)  a dvoch zahraničných projektov (Rámcový program EÚ, Nórsky a EHP finančný mechanizmus). Je autorkou a spoluautorkou 7 kapitol vo vedeckých monografiách vydaných v renomovaných zahraničných a v domácich vydavateľstvách a 72 vedeckých článkov publikovaných v CC a impaktovaných časopisoch (Scopus). V databázach Scopus a Web of Science boli jej práce citované v 880 publikáciách publikovaných v impaktovaných časopisoch a podľa databázy Scopus je hodnotená H-indexom 16. Ako školiteľka sa podieľala na vedeckej výchove 8 doktorandov. Je spoluautorkou 5 úžitkových vzorov a patentov. Bola jej udelená Cena za transfer technológií na Slovensku 2016 v kategórii „Inovácia s najväším potenciálom pre uplatnenie v prax“. Je členkou špičkového tímu Lactovir UVLF v Košiciach, ktorý bol ocenený v roku 2017  Ministerstvom školstva, vedy, výskumu a športu SR Cenou za vedu a techniku  za významný prínos pri štúdiu vírusových agensov a vývoj laktobacilových prípravkov na ochranu zdravia zvierat a produkciu kvalitných a bezpečných potravín živočíšneho pôvodu

doc. MVDr. Tomáš Csank, PhD.

Vysokoškolské vzdelanie získal v roku 2007 na Univerzite veterinárskeho lekárstva a farmácie v Košiciach v odbore všeobecné veterinárske lekárstvo. Na Katedre mikrobiológie a imunológie UVLF v Košiciach absolvoval doktorandské štúdium so zámerom na prasací cirkovírus. Od úspešného získania titulu „Philosophiae doctor“ v študijnom progame virológia pôsobí na Katedre mikrobiológie a imunológie UVLF v Košiciach ako vedecko-pedagogický pracovník. Bol školiteľom, respektíve školiteľom konzultantom 20 diplomových prác a dvoch dizertačných prác. Je spoluautorom učebných textov Veterinárna virológia v slovenskom a v anglickom jazyku a skrípt Praktické cvičenia z mikrobiológie v slovenskom a v anglickom jazyku vydaných na UVLF v Košiciach.

Absolvoval niekoľko výskumných pobytov. V roku 2009 sa pod vedením profesora Gordona Allana zúčastnil dvojtýždňovej stáže vo virologickom laboratóriu Inštitútu poľnohospodárskych, potravinárskych a biologických vied (Agri-Food and Biosciences Institute) v Belfaste v Severnom Írsku. V máji toho istého roku absolvoval trojmesačný výskumný pobyt vo virologickom laboratóriu na Veterinárskej fakulte v Merelbeke (University Ghent, Belgicko) pod vedením profesora Hansa Nauwyncka. Počas oboch pobytov získal neoceniteľné vedomosti a skúsenosti v oblasti virologických a sérologických metód. V roku 2014 sa zúčastnil workshopu pod vedením profesora Manfreda Weidmanna vo virologickom laboratóriu na Univerzite v Göttingene (Nemecko), ktorého zámerom bola práca v laboratóriu pre biologické faktory 3. a 4. skupiny. Získané vedomosti využil počas výskumnej stáže v roku 2016 u docenta Tamása Bakonyiho (Katedra mikrobiológie a infekčných chorôb, Univerzita veterinárskej medicíny v Budapešti), kde sa v laboratóriu pre biologické faktory 3. (Miklós Gyuranecz, Veterinársky výskumný ústav, Maďarská akadémia vied) zaoberal štandardizáciou mikrotitračného neutralizačného testu pre simultánne vyšetrenie vzoriek sér na prítomnosť špecifických protilátok voči West Nile vírusu, Usutu vírusu a vírusu kliešťovej encefalitídy u vtákov, koní a ľudí na Slovensku.

V súčasnosti sa venuje biologickej charakteristike článkonožcami prenášaných vírusov, tzv. arbovírusov a vývoju metód pre ich detekciu. Okrem toho sa zaoberá druhovou diverzitou, genetickou a biologickou charakteristikou arbovírusov. V rámci týchto cieľov sa so spolupracovníkmi venuje  výskytu arbovírusov vo vektoroch, replikačným vlastnostiam izolátov arbovírusov v bunkových kultúrach a ich interakciou s vrodenou imunitnou odpoveďou.

V pozícii vedúceho projektu alebo člena riešiteľského kolektívu participoval na projektoch Agentúry MŠVVaŠ SR pre štrukturálne fondy Európskej únie, Agentúry na podporu výskumu a vývoja (APVV), projektoch Vedeckej grantovej agentúry (VEGA) MŠVVaŠ SR a SAV a na Medzinárodnom Višegradskom projekte. V roku 2017 získal ocenenie „Mladý mikrobiológ 2016“ udelené Československou spoločnosťou mikrobiologickou.

MVDr. Vanda Hajdučková, PhD. 

Je absolventkou Univerzity veterinárskeho lekárstva v Košiciach, odbor hygiena potravín. Doktoradské štúdium ukončila v roku 2010 v študijnom programe mikrobiológia. Od roku 2018 pracuje na Katedre mikrobiológie a imunológie Univerzity veterinárskeho lekárstva a farmácie v Košiciach. V rámci pedagogickej činnosti spolugarantuje predmet základy mikrobiológie, parazitológie a imunológie pre bakalársky študijný program veterinárna sestra. Vedie praktické cvičenia z mikrobiológie pre bakalárske, magisterské a doktorské študijné programy. Je spoluautorkou 1 učebných skrípt. Doposiaľ bola školiteľkou 5 úspešne obhájených záverečných prác v slovenskom jazyku a v súčasnosti vedie 4 diplomantov. Vo vedecko-výskumnej sfére sa venuje problematike probiotických baktérií, ich selekcii a charakterizácii ich bioaktívnych produktov, štúdiu prevencie a terapie črevných zápalových ochorení s využitím gnotobiotických laboratórnych zvierat asociovaných s humánnou mikrobiotou, cielenou moduláciou črevnej mikrobioty a jej transplantáciou, ale aj problematike výskytu rezistentných baktérií u zvierat a v prostredí. V súvislosti s danou témou rieši rôzne výskumné úlohy a granty a zúčastňuje sa domácich aj medzinárodných vedeckých konferencií. V pozícii spoluriešiteľa aktívne participovala a naďalej participuje na domácich projektoch (APVV, VEGA, KEGA).


RNDr. Ján Király, PhD.

Je absolventom Prírodovedeckej fakulty UPJŠ v Košiciach. Doktorát získal na Virologickom ústave SAV v Bratislave v roku 2011 v študijnom odbore virológia so zameraním na prípravu rekombinantného vírusu chrípky ako vektora pre indukciu biologicky aktívnych protilátok. V súčasnosti pracuje ako vedecko-výskumný pracovník na Katedre mikrobiológie a imunológie UVLF v Košiciach. Využívajúc metódy molekulárnej biológie sa podieľa na riešení vedeckých projektov podporovaných grantovými agentúrami VEGA, KEGA, APVV.

MVDr. Marián Maďar, PhD.

Pôsobí ako vysokoškolský pedagóg na Katedre mikrobiológie a imunológie Univerzity veterinárskeho lekárstva a farmácie v Košiciach. Počas doktorandského štúdia študoval imunoproteomické aspekty vybraných kliešťom prenosných chorôb, pričom využíval molekulovo-biologické a proteomické metódy. Neskôr od roku 2012 do 2022 pracoval ako vedecko-výskumný pracovník v Laboratóriu gnotobiológie na Katedre mikrobiológie a imunológie UVLF, kde zaviedol mnohé molekulárne metódy v oblasti genomiky, proteomiky, imunológie a mikrobiológie. V spolupráci s Poľskou akadémiou vied zaviedol metódu FISH na polykarbonátových filtroch a rozvinul ju o variácie Multicolor FISH, HISTO-FISH a VFQTOPF. V spolupráci s Českou akadémiou vied zaviedol na pracovisku NGS sekvenovanie amplikónov pre účel charakterizácie zloženia bakteriálneho mikrobiómu. Ako prvý na univerzite sekvenoval DNA pomocou Minisekvenátora MinION Oxford Nanapore Technology, pričom výsledky prezentoval na konferencii v EMBL v Heidelbergu. Už siedmy rok sa venuje výskumu dentálnych biofilmov, probiotických baktérií a ich bioaktívnych látok v rámci humánnej a veterinárnej medicíny. Ako spoluriešiteľ sa podieľal na úspešnom dokončení 11 projektov (APVV, INFEKTOZOON, MediPark, Probiotech a VEGA). Je autorom a spoluautorom 26 vedeckých článkov publikovaných v CC a impaktovaných časopisoch, viac ako 60 odborných článkov a príspevkov z domácich a zahraničných konferencií. Jeho práce boli citované vo viac ako 140 publikáciách publikovaných vo významných impaktovaných časopisoch a podľa databázy Scopus je hodnotený H-indexom 8. Je autorom a spoluautorom 5 kapitol vo vedeckých monografiách vydaných v zahraničných a v domácich vydavateľstvách. Vedie praktické cvičenia  z predmetov mikrobiológie a imunológie. Zabezpečuje tiež školenie v rámci III. stupňa vysokoškolského vzdelánia v predmete mikrobiológia. Doposiaľ bol školiteľom 2 ukončených  doktorandov a aktuálne  vedie 2 doktorandov v dennej forme štúdia.

MVDr. Evelína Mochnáčová, PhD.

Pracuje ako vedecký pracovník v Laboratóriu biomedicínskej mikrobiológie a imunológie na Univerzite veterinárskeho lekárstva a farmácie v Košiciach. V roku 2015 promovala na UVLF v odbore všeobecné veterinárske lekárstvo, kde následne získala doktorát v študijnom programe neurovedy. V rámci svojej práce sa venuje štúdiu proteínových interakcií medzi hostiteľskými bunkami a neuropatogénmi. Aktuálne sa zaoberá dizajnom nových antimikrobiálnych liečiv proti neuroinvazívnej Borrelia garinii.


Blog

Odborná knižná publikácia